Berlin 1942. Bruno a 9 ans, et vit avec ses parents et sa soeur dans une belle maison. Son père, un officier nazi, vient d'avoir une promotion et ils déménagent hors de Berlin. Bruno est triste de se retrouver loin de tout, dans une lugubre maison. De sa fenêtre, il peut voir des silhouettes d'hommes, de femmes et d'enfants, tous vêtus de pyjamas rayés. Personne ne veut lui expliquer qui ils sont.

Paris, 1941. Joseph a dix ans. Dans le pays occupé par les nazis qui obligent tous les Juifs à porter l'étoile jaune, le jeune garçon et son frère Maurice tentent de franchir la ligne de démarcation sans papiers, pour gagner la zone libre.