Berlin 1942. Bruno a 9 ans, et vit avec ses parents et sa soeur dans une belle maison. Son père, un officier nazi, vient d'avoir une promotion et ils déménagent hors de Berlin. Bruno est triste de se retrouver loin de tout, dans une lugubre maison. De sa fenêtre, il peut voir des silhouettes d'hommes, de femmes et d'enfants, tous vêtus de pyjamas rayés. Personne ne veut lui expliquer qui ils sont.

Londres, 1940. Le jour où un bombardement menace de détruire le zoo, Ricky Kee, orphelin de 11 ans, porte secours à Gertrude, une femelle gorille menacée par le directeur Petseck et la vétérinaire Saddick. Il met en place un plan d'évasion, l'opération bananas. S'ensuivent une série d'aventures farfelues.