Plusieurs années après que Jax ait vaincu l'Hybride, une nouvelle menace arrive du ciel, déchaînant les dangereux pouvoirs de l'Elex noir et menaçant toute vie sur la planète. Afin de défendre la paix sur Magalan et la sécurité de sa famille, Jax doit partir en mission pour convaincre les factions de s'unir contre les envahisseurs et retrouver son fils, Dex, dont il a été séparé... Immergez-vous dans un monde immense, créé à la main et totalement unique, avec plusieurs factions et des environnements variés, campé dans un univers de science-fiction post-apocalyptique.